Tantárgy Adatlap

és tantárgykövetelmények

Budapesti Műszaki és

Gazdaságtudományi Egyetem

Vegyészmérnöki  Kar

Vegyészmérnöki Szak

Biomérnöki Szak

Informatika tantárgy-csomag

 

2004 november 20.

Kémiai és biológiai adatbankok az interneten

2.

Tantárgy kódja

Szemeszter

Követelmény

Kredit

Nyelv

Tárgyfélév

 

BMEVESEU612

őszi/tavaszi

1+0+1v

2

magyar

1/1

3. A tantárgyfelelős személy és tanszék: Csonka Gábor Szervetlen Kémia Tanszék

4. A tantárgy előadói:

Név:

Beosztás:

Tanszék, Int.:

Csonka Gábor

egyetemi tanár

Szervetlen Kémia 79%

Poppe László

egyetemi tanár

Szerves Kémia 21%

5. A tantárgy az alábbi témakörök ismeretére épít: -

Matematika, Számítástechnika, Általános Kémia, Szervetlen Kémia, Fizikai Kémia II., Szerves kémia, Kémiai anyagszerkezettan,

6. Kötelező/ajánlott előtanulmányi rend:

VE-1-013-KI Számítástechnika III., VE-3-030-SK, Szerves kémia III., VE-3-073-F Kémiai anyagszerkezettan,

 

 

7.         A tantárgy célkitűzése

 

Az adatbankok felépítésének és használatának fontosabb elemeit megtanítása. A tantárgy a kutatással és fejlesztéssel foglalkozó, az internetet ehhez felhasználó vegyész- és biomérnökök igényeihez igazodik. A World Wide Web ismertetése kémiai szempontból, a legfontosabb kémiai, biokémiai és élettudományi irodalmi adatbankok megismerése, aktív használatuk. A hagyományos (pdf alapú) közlési formáktól a legkorszerűbb közlési metodikákig.

 

8.                  A tantárgy részletes tematikája

 

1. A World Wide Web ismertetése kémiai szempontból.
Irodalmi adatbázisok: Nature, American Chemical Society,
American Physical Society, American Istitute of Physiscs,
Egyesített irodalmi adatbázisok: Web of Science, ScienceDirect.                                                               2 óra

 

Pubmed, Chemfinder, CAS, CrossFire. (Poppe L.)          2 óra   

 

Uncover. Szabadalmi adatbázisok. Irodalmazás az OMIKK-BME eszközeivel.   (gyak.)                                          2 óra

 

2. Az adatbázisok aktív kezelése, a vonatkozó hipertext kódolás (Form, input, select, textarea) és a JavaScript szerkesztés alapjainak elsajátítása.                             10 óra

 

3. Kisméretű és biomolekulák két- és háromdimenziós megjelenítési lehetőségeinek áttekintése (Chemscape, Weblab Viewer és VRML,). Egyetemek fontosabb publikus adatbázisai, (USA, Európa). Cambridge krisztallográfiai adatbázis, a National Institute of Standard and Technology adatbázisa (NIST Chemistry WebBook),
Gyakorlat:
a. Készítsen egy JavaScript-tel kiegészített űrlapot, ami ellenőrzi, hogy a 2. házi feladatban vagy ahhoz hasonló űrlapban, a mezők ki vannak-e töltve, és ha nincsenek küldjön figyelmeztető üzenetet.
b. Ezután Installálja az MDL CHIME 2.6-ot, majd írjon egy olyan HTML vezérlő programot, amely beolvas négy az internetről letöltött molekula file-t, és néhány script műveletet is végrehajt (ezek között legyen olyan, ami kiválaszt atomokat, és kiemeli azokat). Jó kiindulás a Chemonet "Néhány "egzotikus" gyűrűs vegyület" oldala és a ez a példa, valamint a
Molekulák galériája. Hasznos programok, chime tutorial                                                                                    4 óra

4. Kémiai és biomolekuláris szerkezeti számításokhoz kapcsolódó adatbankok. Az adatbankokban tárolt szerkezethez kapcsolódó legfontosabb tulajdonságok. 3D szerkezet, spektroszkópiai adatok, reakcióképesség, biológiai aktivitás, környezetvédelmi adatok.

    CCCBDB
Webbok of Chemistry                                                   4 óra

 

5. Brookhaven protein adatbank, Genomiális adatbankok. (Poppe L.)                                                                                                  4 óra 

 

9. A tantárgy oktatásának módja: előadások, 2 házi feladat

 

10. Követelmények

a.   A szorgalmi időszakban: - részvétel az előadások legalább 70%-án, és 2 házi feladat teljesítése

b.    A vizsgaidőszakban: vizsga

Vizsga:  Júni. 21,  28., 9 óra, hely: CH/I/8)

 

Vizsgamunka:

Több elem szintetizálása egyetlen hipertextben, amely tartalmazza az irodalmi hivatkozásokat, egy molekulaszerkezeti adatbázist (pdb), és egy azt kezelő,  megjelenítő hipertextet. Legyen lehetőség  a molekulák lényeges részeinek kiemelésére is (minta: http://www.chm.bris.ac.uk/motm/cisplatin/chime/)

 

11.   Pótlási lehetőségek: iv. lehetőségét biztosítjuk.

12. Konzultációs lehetőségek: Igény szerint, a szorgalmi- és a vizsgaidőszakban rendszeresen konzultációt biztosítunk

13. Jegyzet, tankönyv, felhasználható irodalom:

web.inc.bme.hu/csonka
 hipertext szerkesztés,

Hasznos programok, chime tutorial

Chemscape,glükóz adatbazis, Chemonet

WWW címlista, hallgatói munkák,
 

 

14. A tantárgy elvégzéséhez szükséges tanulmányi munka: vizsga

15. A tantárgy tematikáját kidolgozta:

Név:

Beosztás:

Tanszék, Int.:

Csonka Gábor

egyetemi tanár

Szervetlen Kémia 85%

Poppe László

egyetemi tanár

Szerves Kémia 15%