CORINA 3D Koordináták

Mi a CORINA ?

A CORINA jelenleg a legjobb program a világon majdnem mindenféle bonyolult kémiai szerkezetek jó 3D koordinátáinak létrehozására, ideértve a terjedelmes gyűrűket, fém komplexeket és feszített gyűrűket. A CORINA egy nem interaktív modell építő. Gyűrű mintákat és pszeudo erőtér optimalizálást használ a nagyon valóságos 3D szerkezet kiszámításához.

Kattints ide más példákért.

A CORINA-t fejlesztő kutatócsoportról itt található információ.

Példa

Ez egy kristály szerkezet sztereoszkópikus burkolata és CORINA koordidátái egyedül a eszköztáblázat használatával előállítva. A modell építők közül egyedül a CORINA képes megbirkózni az olyan vegyületekkel, amik ilyen nagy és instabil gyűrűket tartalmaznak. Ha vannak Chemical Mime kiterjesztések installálva, akkor a képre kattinthatsz és megnézheted a szerkezetet a kedvenc molekula modellező programoddal.

Referenciák

1. Sadowski, J.; Gasteiger, J. From Atoms and Bonds to Three-Dimensional Molecular Models: Automatic Model Builders. Chem. Rev. 1993, 93, 2567-2581.

2. Sadowski, J.; Gasteiger, J.; Klebe, G. Comparison of Automatic Three-Dimensional Model Builders Using 639 X-Ray Structures. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1994, 34, 1000-1008.

Más adatforrások

Az NCI készített egy 125.000 vegyületet tartalmazó szabadon használható készletet gyűjteményéből. Ezeknek a vegyületeknek van egy eszköz táblázata és gyarapszik a CORINA koordináták által.

Több információ a http://epnws1.ncifcrf.gov:2345/dis3d/dtp.html. -en.

Ha ugyanezekért az adatokért fizetni akarsz, CD-n is megvásárolhatod a http://soho.ios.com/~ilyak/SDatabase.html -en és a hálózaton keresztül 5.000 szerkezetet érhetsz el közvetlenül. Ennek a kereskedelmi forgalomban lévő CD csomagnak az adatait nem hagyta jóvá sem az NCI, sem a mi csoportunk, és semmilyen módon sincs rajta hasznunk, kivéve az esetleges reklámot.

1000 ingyenes koordináta készlet mindenkinek

A CORINA program emailen keresztüli ingyenes elérhetőségét és egy speciális molekula szerkesztőt ajánlunk. Minden felhasználónak 1000 szerkezet ingyen van. Ez után tárgyalnod kell a licenceről (különböző típusok lehetségesek) vagy az együttműködés néhány formájáról. Küldj levelet, ha információra van szükséged a licenceről vagy az együttműködésről. A szerkezetek bizalmasan lesznek kezelve, de rejtjelezetlenül utaznak az Interneten, valamint fenntartjuk a jogot nyilvántartásukra és használatukra a program teljesítményének kiértékeléséhez. Nem tűrjük a bizonytalan, kitalált neveket a feladó címében az 1000 szerkezetes határ túllépésének megkísérlésekor.

Elérés Emailen keresztül

A szerkezet file-odat küld a corina@eros.ccc.uni-erlangen.de címre Props=A_XYZ ReturnFormat=xxx -val, ahol xxx a megkövetelt alak. Az elfogadott visszatérési alakok "mol" (MDL Molfile), "xyz" (XYZ alak), "pdb" (Protein Adatbázis Alak), "smd" (Standard Molekula Adat), "jcamp" (spektroszkópiás standard), "vrml" ( Virtuális Valóság Modellező Nyelv), "compass", "ctx", "molgen", "sharc", "cascii" és "cbin". A szerkezet file levélbeli teste minden magyarázat nélküli. A lehetséges belépő alakok tartalmaznak minden fenti plusz Smiles strings-t és "441"-et. A belépő file alakját a program automatikusan felismeri. Meg kell jegyezni, hogy minden alak, kivéve a Molfile-ok és a CTX egy átalakító folyamaton megy keresztül, ami elkerülhetetlen veszteséget okozhat a kapcsolódó adatokban, a sztereokémiában, stb. Ezért a Molfile ( vagy SD és más származékok) a legbiztosabb választás. Ha más visszatérési vagy belépési alakra van szükséged, kérjük küld el az alak leírásának részleteit és mi ha lehet hozzátesszük. Az elküldési alak különbözhet a visszatérési alaktól. Ha a file alak lehetővé teszi, akkor több, mint egy molekula (vagy molekulák együttese) küldhető egy csomagként. A koordinátákat európai idő szerint általában éjjel számítjük. Ezeket visszaküldjük a postafiókodba. Kaphatsz információt a jelenlegi helyzetedről is.

Elérés a CACTVS Rendszer Molekula Szerkesztőjén keresztül

Egy teljesen előtérbe állított 2D molekula szerkesztő letölthető a 3D koordináták szolgáltatás elérésének megkönnyítésére. Rajzold le a molekuládat, nyomd meg a submit gombot, és a szerkezetet emailen keresztül küldjük vissza neked, ha megvásárolod a licencet. A szerkesztő jelenleg IRIX5.3-hoz, SunOS4.1-hez és Solaris2.4 (SunOS5.4) -hez alkalmas. A 45 oldalas szerkesztő kézikönyv (a tömörített leírás) tartalmazza a részletes utasításokat arra vonatkozólag hogyan használjuk a szerkesztőt a 3D koordinátákat számító szolgáltatás elérésére ezzel a eszközzel.

Technológia és kapcsolatok

A számítás a CACTVS környezetében történik, ami egy felosztott ügyfél-szerver alapú redszer a számításhoz, az elemzéshez, a megjelenítéshez és a kémiai adatok tetszőleges típusú kezeléséhez.

Ha valamilyen kérdésed vagy megjegyzésed van az oldallal vagy mögötte lévő CGI technológiával kapcsolatban, akkor kérünk lépj kapcsolatba ennek az oldalnak a szerzőjével, Wolf-D. Ihlenfeldt. Ha a koordináta számítási folyamattal kapcsolatban van kérdésed, akkor Christof Schwab-nak, a magának a CORINA program karbantartójának kellene írnod.

A szerkezetek elküldése SMILES strings-ként

A Smiles egy egyszerű, tömör és eléggé érdekes molekula szerkezet megadási alak.

Az alapszabályok:

Az atomokat vegyjelükkel adjuk meg. Ha az atom sp2-hibridállapotú, pl. az aromás gyűrűben lévő szénatomok, akkor kis betűvel írunk minden betűt, egyébként az első betűt naggyal. A nem szerves csoportban lévő elemeket (B, C, N, O, P, S, F, Cl, Br, I) és lehetséges jelzőiket szögletes zárójelbe kell tenni. A szerves csoportban lévő elemeket csak akkor kell zárójelbe tenni, ha jelzői vannak vagy különleges hidrogén értéke. Például: [Au] arany atom.

A szerves csoportok elemeit automatikusan olyan számú hidrogén atommal fogadja el, ami a legalacsonyabb oxidációs állapotának eléréséhez szükséges. Más elemek nem kapnak automatikusan hidrogén atomokat. Például: C a metán.

A hidrogének számát és a formális töltést mindig a zárójelen belül adjuk meg. A hidrogének számát a H után írt számmal írjuk le. A töltést egy vagy plusz vagy mínusz jellel tüntetjük fel a számjegy után. Például: [NH4+] az ammónium kation.

A -, =, # és : jeleket használjuk az egyes, kettős, hármas és négyszeres kötések jelölésére. Az egyes kötés jelölése nem kötelező. Például: CC=C a propén, [H][H] a molekuláris hidrogén. Ha hibridizációs információkat használsz, akkor a propén Ccc-ként is leírható.

Az elágazásokat zárójellel történő elkerítéssel adjuk meg. Például: C(C)(C)(C)O a t-butanol.

Az összeköttetés nélküli szerkezetek által kialakított molekulaegyütteseket '.' kapcsolattal jelöljük. Például: clcc([O-].[Na+])cccl (nem a leg magától értetődőbb, de legális jelölése) a nátrium-fenoxidnak.

Az aromás gyűrűket beírhatod Kekulé formában vagy aromás atomokkal, p.l. a C1=CC=CC=C1 a és c1ccccc1 egyenértékűek (benzol). Ez még töltéssel rendelkező rendszereknél is működik.

A kötés cisz/transz típusú sztereokémiája / és \ jelekkel van szabványosítva. A Cl/C=C/Cl a transz-diklór-etén. A bal oldali klór atomtól a kötés felmegy a C=C maghoz és a másik oldalon szintén felmegy a második klór atomhoz. Következésképp a Cl/C=C\Cl vagy a Cl\C=C/Cl a cisz vegyület.

Az izotópokat a vegyjel előtt jelöljük. A jelölt atomokat szögletes zárójelbe kell tenni. Például: a [13CH4] a 13C-metán és a C([2H])([2H])([2H])[2H] a teljesen deuterált metán.