1. MIME a kémiában
Az Interneten sokféle a file formátum nagy található. Peldául A grafikus állományok tárolása többek között GIF, JPEG, PostScript, TIFF es PNG formátumban lehetséges. Hasonlóak a lehetôsegek a videó, a szövegszerkesztés, a lapszerkesztés területén valamint minden egyéb kategoriában. Az adatfeldolgozás automatizálására Borenstein es Freed [2] kifejlesztettek egy eljárást az elektronikus levelezéshez, amelyet Többcélú Internet Levél Kiterjesztésnek (Multipurpose Internet Mail Extensions /MIME/) neveztek el. A rendszer fejléccel látja el az adatfileokat, amely információt szolgáltat a levél fogadó programnak a beérkezô adatok tipusáról. A fejléc hierarchikus felepítésű. Célja, hogy megadja a levél tartalma kezelésének alapértelmezését, valamint az altípust, amely pontos feldolgozást tesz lehetôvé.
Néhány példa (tipus/altipus):
A MIME igazi ereje az azt felhasználó Internet alkalmazásokban rejlik. A rendszert eredetileg elektronikus levelezéshez fejlesztették ki, majd később alkalmassá tették web- es gopher programokkkal való alkalmazásra. Ha a felhasznaló kiválaszt egy hyperlinket egy HTML dokumentumban, a kliens program kérést küld a kiválasztott web szerverhez. A szerver elfogadja a kérést, és megkeresi a megfelelő file(-oka)t, majd elküldi azokat kliensnek a megfelelő típusú MIME kiterjesztéssel ellátva. Amikor a program megkapja a file-t, elolvassa a MIME kiterjesztést, hogy meghatározza a további teendőket. Ha a MIME típusa lehetővé teszi, hogy a program feldolgozza a kapott file-t, és az a saját ablakban fog megjelenni. Ez az eset HTML dokumentumok, GIF és JPEG képek esetén. Ha azonban az aktuális MIME tipus helyileg nem kezelhető, a rendszer megkeresi az adott állomány kezelésére vonatkozó informaciókat tartalmazó file-t, amely meghatározza, hogy milyen segédprogram elindítására van szükség. A browser-program ekkor elindítja a megfelelő alkalmazást és az érkező file-t a segédprogram inputjaként kezeli. A felhasználó ekkor sok esetben egy új ablakot lát amelyben látható a kért file. Tehát, ha például a felhasználó egy Microsoft Word file-t tölt, a szerver application/msword MIME kiterjesztéssel küldi el a file-t. A felhasznaló ekkor beléphet a Word ablakába es megkezdheti a dokumentum szerkesztését. Emlékezzünk rá, hogy mindezek eléréséhez a felhasználónak csak egy hivatkozásra (HYPERLINK) kell rákattintania!
De mi köze mindennek a kémiához? A vegyészek speciális rajzprogramokat használnak a kémiai szerkezetek megjelenítésére, mint például a ChemDraw vagy az IsisDraw. A molekulák háromdimenziós megjelenítése molekulamodellező programok vagy röntgen krisztallográfiás berendezés kimeneti jeleiből törtenik. A spektrum digitalizálható és további szerkesztés céljábol x-y koordináták formájában tárolható. 1994 elején felismertük [3], hogy hasznos lenne meghatározni egy egységes, standard megjelenítési-szabvány készletet, amelyet elfogad a felhasználók közössége. Ennek eredményeként a Web és Gopher dokumentumok kialakítása alkalmassá válna arra, hogy különböző típusú fileok azonos MIME kiterjesztéssel műkodjenek. A rendszer előnye kézenfekvő. A kristály szerkezet, amely pdb formátumban tárolható megjeleníthető az Interneten a chemical/x-pdb MIME segítségével, ami biztosítja, hogy az összes felhasználó azonos fejléccel ellátott dokumentumot kap. A felhasználónak ezután el kell döntenie, mely programot használja a Web klienstől vagy e-mail programtól kapott file feldolgozására. Helyi konfigurációs file-t alkalmazva minden MIME típushoz hozzárendelhető a megfelelő alkalmazás. A pdb file-okkal leggyakrabban alkalmazott program a Roger Sayle által készített RasMol, ami szabadon, engedély nélkül terjeszthető. Chemscape Chime nevu Netscape segédlet (plug-in), amelyet az MDLI keszített hatasosan beagyazza a RasMol-t a Netscape ablakába. A felhasznalo ettől kezdve manipulálhatja kívánság szerint forgathatja a molekulát vagy rákozelíthet egy kívánt részletre (1. abra). Hasonlítsuk össze ezt a kedvenc újsagunkban talalható, többnyire fekete-fehér állóképpel. A MIME használata a kémiában elsőként teszi lehetővé a vegyészek számára, hogy közzétegyék az aktualis ismereteket, spektrumokat, stb. ami azután mások által is szerkeszthető és változtatható.
1. ábra. A para-bromfenilszilatrán 3 dimenziós forgó és alló képe. A hhoz, hogy a felső a forgó kép látható legyen az MDLI Chemscape Chime nevű plug-in-t installálni kell (Netscape 2.0, 3.0).
Eredetileg számos különböző kémiai MIME típust terveztek, amelyeket többféle kategóriába sorolhatunk: (1) molekula koordináta, kötési és sorrend leiró tipusok, (2) molekula modellező tipusok, (3) spektroszkópiai tipusok, (4) származtatott "ön-meghatározó" modern tipusok (ld. táblázat)
Táblázat: a kémiai MIME típusai, jellemző példák.
chemical/x-pdb Fehérje adatbázis Brookhaven formában, amit de facto standard -ként fogadott el a NIH és más szervezetek
chemical/x-mdl-molfile MDL Inc. által elfogadott adatbázisforma
chemical/x-daylight-smiles Daylight SMILES forma a kémiai kötések jelzésére
chemical/x-jcamp-dx IR és NMR spektrum definició
chemical/x-cif kristállografiás adatcsere formátum
Az "x" (pl. x-pdb) használata azért szükséges, mert ez a terv még nem jutott tul az (Internet Engeneering Task Force) Internet Speciális Műszaki Csoport jóváhagyási eljárásán. 1996 első felében az eredeti műszaki leírást [4] átdolgozzák és benyújtják a UIPAC -hoz további vizsgálatra. A nyílt felépítés szintén lehetőséget ad az új MIME típusokkal való egyszerű kiegészítésre, tervezésre és elfogadásra új szerver vagy kliens készítése nélkül. Tervünk az alapvető kémiai MIME típusok a hivatalos jóváhagyatása, amíg feltehetőleg az új típusok iránt sajátosabb a természetes érdeklődés, mint a kémiai sofware házak megmaradó "x" típusai iránt, bár mindazonáltal ezeknek a típusoknak a koordinációjánál és dokumentálásánál ajánlott a központi mechanizmus követése. Jelenleg ezeknek a kiadása és egy vezető irányvonal megadása körül zaljik a vita egy e-mail listán [5].
A kémiai MIME javaslat volt az első vízválsztó esemény az Interneten való kémiai publikálás fejlődésében. Ez a javaslat tette lehetővé, hogy az Internet felfigyeljen a kémia különböző eredményeire, és így lehetőség nyíljon arra, hogy a munkatársak közvetlenül feldolgozhassák és analizálják az új eredményeket. Ez egy hatalmas előny az eddigi publikálási lehetőségek után, ahol is az adatokat fel kellett dolgozni és fel kellett vinni a saját software -re. A kémiai MIME felhasználási lehetősége korlátlan. Néhány kitűnő példa van már, pl. a Molecules R Us szolgáltatás a NIH -ben, a Elektronikus Számitogépes Kémiai Konferencia (ECCC), az Elektronikus Konferencia a Szerves Kémia Irányzatairól (ECTOC), a Klotho Terv, a Corina Terv az Erlangen Egyetemen, A CambridgeSoft Kémiai Kutatók Terve, és a Daylight Software Kiss Terve. További részletekért és példákért lásd ref[1] 12 fejezetét.