Kémiai és biomolekuláris szerkezetmodellezés (frissítve 2008.03.04.)

CH/I/7 terem, kedd14:30-17:30

2007/2008 II. félév

Dr. Csonka Gábor és Dr. Poppe László

1. A molekulamodellezésre felhasználható számítási módszerek áttekintése. A különböző számítási módszerek elvi alapjai. A Hartree-Fock módszer.
Atompályák, bázisok. Egy minta az oxigén 6-31G bázisának felépítésére (Excel),
Radiális elekronsűrűség adatok. Radiális elektronsűrűség Maple formátumban

Sűrűség mátrixok, sűrűségfunkcionál elmélet.
Mit jelent az, hogy funkcionál? Funkcionál deriválás.
 

2. Geometriai, energetikai, elektronszerkezeti és spektrumadatok modellezése, az adatok értékelése és felhasználása, molekulatervezés, mintapéldákkal.

    Az Arguslab legfontosabb funkciói (tutorial)

3. Konformációs tér, keresés a konformációs térben, programok, mintapéldák.

Segédanyagok:

Kieron Burke: ABC of DFT: ECTURE NOTES IN DENSITY FUNCTIONAL THEORY (BETA)

Nagy Ágnes: Molekulák elektron sűrűség elmélete, Függelék

Feladatok:

1. Oldja meg az ABC of DFT első fejezetének feladatait, és válaszoljon a kérdésekre.

2. Végezze el az Arguslab Tutorial feladatait, és küldje be az eredményeket.

3. Keressen egy sűrűségfunkcionál fizikai kémiai alkalmazásával foglalkozó cikket, és azt elemezve mutassa be milyen megoldásokat ad a sűrűségfunkcionál elmélet.

Szükséges programok:

  1. ArgusLab Computational Chemistry Software A molecular modeling, graphics, and drug design program
  2. ABINIT is a package: to find the total energy, charge density and electronic structure of systems made of electrons and nuclei (molecules and periodic solids) within Density Functional Theory (DFT), using pseudopotentials and a planewave basis.
  3. PC GAMESS http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/pcgamess.shtml
  4. Free Evaluation Copy of AIM2000 Version 2
  5. TINKER - Software Tools for Molecular Design
  6. Mercury, http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/csd_system/mercury/downloads/
  7. MOLDEN a pre- and post processing program of molecular and electronic structure
  8. Xwindows
  9. RasMol Home Page at the University of Massachusetts, Amherst MA USA,Molecular Visualization Freeware Protein Explorer, Chime & RasMol
  10. MDL® Chime 2.6 SP6 for Windows (IE plug-in díjmentes regisztráció szükséges)
  11. Deep View Swiss-PdbViewer
  12. Maple, BME licenc (intranet - rapid)
  13. Office XP + Frontpage 2002, BME licenc

Általános Programgyűjtemény